Pantoprazol também é indicado para gastrites ou gastroduodenites agudas ou crônicas e dispepsias não ulcerosas. Tratamento das esofagites leves e na manutenção de pacientes com esofagite de refluxo cicatrizada, prevenindo as recidivas. Profilaxia das lesões agudas da mucosa gastroduodenal induzidas por medicamentos como os anti-inflamatórios não hormonais. O Pantoprazol é indicado no tratamento da úlcera péptica duodenal, úlcera péptica gástrica e das esofagites de refluxo moderada ou severa. Para erradicação do Helicobacter pylori, com a finalidade de redução da taxa de recorrência de úlcera gástrica ou duodenal causadas por este micro-organismo. Neste caso, deve ser associado a dois antibióticos adequados.